医療法人と税のあらまし(医療法人の税、事業承継、役員給与・退職金の取扱、保険契約の活用法など)を解説

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医療法人と税のあらまし

【当コンテンツご利用にあたっての注意点】

当コンテンツのご利用は自己責任でお願いいたします。当ページはあくまでも医療法人設立に付随する税務等の情報として提供、公開しております。

最新の税務、税法等に関するご判断、お手続き等につきましては、必ず、顧問税理士さんにご相談の上、行っていただきますよう、お願いいたします。

顧問税理士さんがいらっしゃらない場合はこちらのサイト(医療法人設立ドットコム)よりご紹介が可能でございます。

【目次】

医療法人と税のあらまし

個人医院の時には、事業所得がそのまま院長の所得となり、それに対して所得税がかかります。

医療法人を設立することで、院長のみならず法人経営に関わる親族を役員とし一定の報酬を得ることによって、所得の分散・節税につながります。

一方、医療法人の事業所得には法人税、法人事業税等が課されることになります。

「個人医院」と「医療法人」になった場合との税制面を比較した場合、医療機関の財務バランスによっては、必ずしもメリットが出るわけではなく、個々に判断するしかありません。

医療法人化すべきかについては、自院の経営方針や方向性、医療法人化後の手続きに係わる手間暇とそれにかかるコスト、社会保険料などの納税以外の支出なども検討する必要があり、税制面だけを判断材料にするべきではありません。

医療法人化の目的や税制面での仕組を十分に認識した上でシュミレーションし、総合的に判断することが求められます。

法人税(国税)

医療法人は、税法上、一般の法人と同じように取り扱われます。

個人医院の場合、所得税の税率は、課税所得が増えれば税率も高くなる「超過累進税率」が適用され、所得が1800万円を超えると最高税率は40%(住民税10%、合計50%)となります。

これに対して、医療法人の法人税の税率は、課税所得に対して一定の税率を適用する「2段階比例税率(資本金1億円以下の場合)」が適用され、所得800万円以下で法人税率22%、所得800万円以上で一律30%となり税負担を軽減することが可能となります。

法人税率の適用
出資額 所得金額 法人税率
出資金1億円以下 年800万円以下 22%
年800万円超 30%
出資金1億円以上 30%
社会保険診療報酬に係る概算経費の特例

医療法人の各事業年度の所得金額を計算する場合、社会保険診療報酬が年間5,000万円以下であれば、概算経費制度を適用することができます。

これは、収入から差し引く必要経費を「実際に支払った金額」ではなく、社会保険診療報酬の金額に応じて対応する経費率により計算する特別な制度です。

概算経費の計算式
社会保険報酬の金額(A) 概算経費の速算式
2,500万円以下の金額 (A)×72%
2,500万円を超え、3,000万円以下の金額 (A)×70%+50万円
3,000万円を超え、4,000万円以下の金額 (A)×62%+290万円
4,000万円を超え、5,000万円以下の金額 (A)×57%+490万円

この特例を受けるためには、確定申告の際に「特例の適用を受けて所得金額を計算した旨の記載」をする必要があります。

確定申告の際に「実額で計算した場合」と「概算経費の特例で計算した場合」を比較し、有利な方法を選択の上、申告を行うことが賢明です。

この申告は、事業年度毎に選択でき、事前届出も必要ありませんが、その年においていったんどちらかを採用した場合、申告しなおすことは認められていません。

また、この特例はあくまで社会保険診療に係る経費について概算経費を認めるものなので、自由診療に係る経費については適用対象外です。

事業税(地方税法)

医療法人において、法人事業税を計算する場合、社会保険診療報酬等に係る所得については、課税対象外(非課税)とされています。

法人事業税の税率

医療法人は法人税においては普通法人扱いですが、事業税の課税上においては特別法人とされているため普通法人に比べ税率において優遇されています。

法人事業税の課税対象となる自由診療収入等に係る所得の金額が400万円以下の場合は一律2.7%、年400万円を超える場合一律3.6%の軽減税率が適用されます。

事業税の税率の適用
事業税の対象となる課税所得 税率
年400万円以下の金額 2.7%
年400万円を超える金額 3.6%

※平成20年10月1日以後に開始する事業年度

消費税

医療法人の消費税計算において、健康保険法等に基づく療養、医療等としての資産の譲渡等は、非課税になります。

これに対し、差額ベッド代、歯科材料差額、初診に係る特別の料金、予約・時間外診察料、等は課税対象となります。

免税事業者の特例

事業年度の前々事業年度における課税売上高が1,000万円以下の法人については、消費税が免除される特別な規定があります。

つまり、医療法人設立2期目までは前々事業年度が存在しないため、課税売上高が0円となるので、この規定を受けることにより医療法人設立初年度と2期目の消費税が免除されることになります。

免税事業者の特例を受ける期間であっても、課税事業者を選択することも可能です。

消費税は、預かった消費税から支払った消費税の差額によって計算されます。もし売上の消費税よりも支払う消費税が多くなった場合には、事業年度開始前に「課税事業者選択届書」を提出し、消費税の還付を受ける申告を行うことも可能です。

青色申告の利用

個人に対する所得税と同様、法人に対しても青色申告制度があります。

所轄の税務署に対して、設立登記の日から3ヶ月以内、または当該事業年度終了の日とのうちいずれか早い日の前日までに承認申請を行い、承認を受ければ、青色申告による特典を受けることができます。

青色申告による特典
  • 最高65万円の特別控除が受けられる
  • 院長夫人など家族への給与が必要経費になる
  • 減価償却の特例が受けられる(取得価額30万円未満の少額減価償却資産の全額必要経費算入)
  • 青色欠損金の繰越控除が受けられる(損失を7年間繰越)
青色欠損金の繰越控除

医療法人に損失が生じた場合、個人診療所の繰越期間は3年間ですが、最大7年間繰越が可能になります。

役員の退職金を支給した場合等、その損失を長期間繰り越すことができます。

医療法設立後は、税務署等に各種届出又は手続きをする必要があります。

これらの届出の中には期限が定められているものも多く、期限を過ぎると無効となる場合もありますので注意が必要です。

税務署等への事業開始届関係

提出書類 提出先 期限
法人設立届書 税務署 設立後2ヶ月以内
個人事業の廃業等届出書 事業開始等の日から1ヶ月以内
所得税の青色申告承認申請書 原則、承認を受けようとする年の3月15日まで(その年の1月16日以後に開業した場合には、開業の日から2ヶ月以内)
青色事業専従者給与に関する届出書 青色事業専従者給与額を必要経費に算入しようとする年の3月15日まで
棚卸資産の評価方法の届出書 最初の確定申告の提出期限までに
減価償却資産の償却方法の届出書 最初の確定申告の提出期限までに
給与支払事務所等の開設・移転、廃止届出書 設立の日から1ヶ月以内
源泉所得税の納期の特例の承認に関する申請書 速やかに
消費税簡易課税制度選択届出書 その設立事業年度末日
消費税の新設法人に該当する旨の届出書 速やかに
法人設立等申告書 都道府県税事務所・市役所 設立後1ヶ月以内

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医療法人の事業承継対策について

平成19年の医療法改正により、『出資持分のある』医療法人の設立はできなくなりました。

平成19年4月1日以後に設立された出資の持分のない医療法人『基金拠出型医療法人』については、解散時の残余財産は国等に帰属されることになります。

それ以前に設立申請された出資持分のある医療法人『経過措置型医療法人』については、当分の間、残余財産は従来の取扱い、即ち、定款の定めに従って出資の割合に応じて出資持分の払戻しを請求することが出来ます。

基金拠出型医療法人の場合、拠出した財産は一定の要件を満たせは返還を受けることができます。

この返還を受けることができる基金は相続税の課税対象になりますが、拠出者が出資持分を持つことがありませんので、医療法人内部にいくら財産があってもこの財産に対しては、相続税が課されることはありません。

医療法人に利益が生じ、財産価値が出資した以上に増加したとしても、財産の評価は設立当初の金額とされるので、相続・事業承継を円滑に進めやすくなります。

経過措置型医療法人の場合、設立時に個人から法人に現金や土地、建物等を出資することにより医療法人が出資持分を有することになり、この出資持分が相続税の対象財産になります。

そして、株式会社とは異なり医療法人は配当が禁止されているため、設立当初の出資額よりも年々財産価値が増加され医療法人内に蓄積されることになり、年月の経過と共に出資金の相続税評価額は高額になっていく傾向にあります。

経過措置型医療法人の場合は、その出資持分をどのように移していくのかいうことが医療法人の事業承継のポイントとなります。

ポイント1.出資持分の後継者への生前贈与

医療法人の出資持ち分を譲渡する場合、時価での取引が要求されます。

したがって医療法人の設立直後の出資金の評価額があまり高くない時期や赤字計上等により純資産価額が減少した場合などの適切なタイミングにより後継者へ贈与することで資産移転を図る方法が有効となります。

ポイント2.役員への退職金支給

理事長など役員に退職金を支払うと、医療法人の出資持分評価額を引き下げる効果があります。これは、退職金を支払うことにより医療法人の純資産価額が減少することになるためです。

つまり、理事長が勇退し退職金を受取ることにより、純資産の評価額が下がった時に理事長の出資持分を後継者に移転する適切なタイミングと言えます。

ポイント3.相続時精算課税制度の活用

贈与税の課税制度には、「暦年課税」と「相続時精算課税」の2つがあり、一定の要件に該当する場合には、相続時精算課税を選択することができます。

この制度は、『贈与時』に贈与財産に対する贈与税を納め、その後の相続時にその贈与財産と相続財産を合計した金額をもとにして、相続税を計算し、そこから既に納めた贈与税を控除する制度です。

相続時精算課税制度により贈与された財産は、『贈与時の価額』により評価されます。すなわち、贈与の時点で相続税評価額が決定されます。

医療法人の場合、利益の配当が禁止されていることから毎決算期ごとに利益が法人内部に留保される、出資持分の相続税評価額は年々高くなる傾向にあります。

そこで、純資産額が低いうちに贈与をしておけば、『贈与時の価額』により評価されるため、その後の出資持分の評価額が値上りしたとしても、その値上り部分については、相続税は課税されません。

ただし、相続時に贈与財産の評価額が下がっていれば、贈与時の評価額のほうが高額になり、その価格で相続税を計算しなければなりませんので、贈与する財産を慎重に選定することが必要です。

また、一度この制度を選択した場合、その贈与者については「暦年課税制度」(110万円まで税金がかからない)に戻ることはできませんので、選択する際は十分に考慮しなければなりません。

適用対象者

65歳以上の親から、20歳以上の子(推定相続人)が生前贈与を受けた場合。

適用対象財産等

贈与財産の種類、金額、贈与回数に制限はありません。

税額の計算

その贈与税の額は、贈与財産の価額の合計額から、限度額2,500万円の特別控除額をし、超えた部分については一律20%の税率を乗じて算出します。

つまり2,500万円までの贈与であれば、贈与税はかかりません。

適用手続

最初の贈与を受けた年の贈与税の申告書の提出期間に、所轄の税務署長に対して贈与税の申告書に「相続時精算課税選択届出書」と子(受贈者)の戸籍謄本などを添付して提出します。

医療法人制度が大幅に改正

平成19年の第5次医療法改正により、医療法人制度が大幅に改正され、その中でも医療法化へのデメリットとしてクローズアップされているのが、医療法人が解散した場合残余財産が出資者に戻ってこない、つまり「解散後の財産は国等のものになる」という規定です。

しかし、そもそも解散しなければ、財産が国等に帰属されることはなく、解散時に残余財産が残っていなければ、残余財産の帰属先制限は何も問題になりません。

後継者がいる医療法人では、解散を前提に設立することはなく、後継者がいない場合でも医療法人であれば、理事長など役員を変更するだけで、引き続き経営を行うことが可能です。

残余財産の問題でいえば、毎年の役員報酬を設定したり、役員退職金制度を導入し緻密に設計することで残余財産を限りなく減少させることも可能になります。

医療法人設立にあたっては、税理士等の専門家と相談しながら自院のケースではどのようになるかシミュレーションを行い、慎重に判断することが必要といえるでしょう。

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医療法人の役員報酬について

役員の給与

院長のみならず法人経営に関わる親族を役員にすることで、医療法人から給与を受けることになり、給与所得控除の適用を受けることができます。

このため所得の分散がはかれ、結果として所得税の税率が下がることになります。

また、役員報酬が適正な報酬額であれば、損金(経費)として処理することができます。

医療法人で給与所得控除の適用を受けることにより、同じ所得であっても課税対象が減ります。

ただし、損金として算入するには税法上厳しく制限が設けられおり、原則として、次の3つのいずれかに該当する場合にのみ損金算入が認められています。

(1)定期同額給与

定期同額給与とは、「支給時期が1ヶ月以下の一定期間ごと」であり、かつ、事業年度の「各支給時期における支給額が原則的に同額である」ものを言います。

また、その事業年度内に、定期給与の額が改訂された場合や経営状況の著しい悪化により減額があった場合であっても、要件に該当すれば損金算入が認められます。

(2)事前確定届出給与

役員給与の支給時期や支給金額をあらかじめ定め、かつ、事前に税務署に届出をすることにより、損金算入できることになります。

上記(1)の定額同額要件を満たさない場合、この事前届出をしなければ、原則としてその総額全ての損金算入が認められなくなるとされています。

(3)利益連動給与

非同族会社であること、有価証券報告書に記載される当期利益に関する指標を基礎とした客観的なものであること、など一定の条件を満たせば損金算入できることになります。

ただし、一般の医療法人の場合は、この要件に該当することはないと考えられます。

このように役員に対して支給される給与のうち、上記区分の要件を満たすもののみが損金算入が認められ、これら以外のものはすべて損金に算入されません。

また、給与の額が「不相当に高額」な金額についても、損金不算入とされています。

「不相当に高額」とされる判断基準は、「実質基準」と「形式基準」の2つがあります。

(1)実質基準

実質基準は、その役員の職務内容や法人の利益の状況などの実質を勘案し、不相当に高額な役員給与の判定が行われます。

以下の項目に照らして不相当に高額な場合、その不相当に高額な部分の金額が損金に算入されません。

  • 役員の職務の内容
  • 医療法人の収益の状況
  • 医療法人の使用人に対する給料の支給状況
  • 同種同規模の法人が支給する役員給与の支給状況
(2)形式基準

医療法人の定款あるいは社員総会の決議により、役員報酬の限度額を定めている場合に、実際に支払われた金額が、その限度額を超えた金額については損金として認められません。

また、役員の賞与についても、一定の要件をもとに損金算入が認められております。(平成18年度税制改正)

ただし、医療法人は非営利性が徹底され剰余金の配当が禁止されています。この規定における剰余金の配当とは、単に直接配当することだけではなく、事実上の配当とみなされる行為も禁止されています。

ですので、勤務実態と比較して過大な給与又は役員報酬の支払いをすることはすべて損金不算入となりますので、留意が必要です。

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役員退職金の算定について

医療法人の役員を退職した場合や役員が死亡した場合には、退職金を支給することができます。

こちらも適正な金額であれば全額を損金(経費)として処理することができます。これも個人医院とは違う医療法人のメリットの一つです。

また、役員退職金についても、不相当に高額な部分の金額は損金算入が認められません。

役員退職金として、いくらまでが適正な金額であるかは、

  • 役員が業務に従事した勤続期間
  • 退職の事情
  • 同規模の医療法人の理事長に対する退職金の支給状況

などから総合的に判定することになります。

税務上適正な退職金についての規定はなく一般的に功績倍率方式という計算式を使って算出します。

■功績倍率方式

役員退職金 = 退職時の報酬月額 × 勤続年数 × 功績倍率

※功績倍率は理事長3.0倍、常務理事2.0倍、理事及び監事1.0倍が一般的であるとされています。

■功労加算

医療法人の在任期間中、特に功績があった役員に対しては、功績倍率方式により算出した金額のほか、一定の金額を限度として、功労金を支給することができます。

退職金の30%を超えない範囲で加算することができるとされています。

■弔慰金

死亡退職時に医療法人から弔慰金を受け取ることが可能になります。こちらも適正額であれば全額を損金に算入することができます。

業務上の死亡の場合 最終報酬月額 × 36ヶ月
業務外の死亡の場合 最終報酬月額 ×  6ヶ月

また、医療法人の役員を完全に退任しない場合でも、次のような場合には、役員退職金を支給することができ、適正な金額である場合には、損金算入が認められています。

  • 常勤役員が非常勤役員になった場合
  • 理事を退任し、監事に就任した場合
  • 役員改選後、役員報酬の支給額が50%以上減少した場合

ただし、理由もなく単に理事から監事になったというだけでは退職金の支払や損金への算入が認められない場合もありますので、安易に考えるべきではありません。

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生命保険契約の活用

生命保険の保険料の損金算入

個人の場合は最高5万円しか認められない生命保険料控除ですが、保険契約者・受取人を医療法人として契約をすることにより、保険の種類によっては、保険料の支払額の一部または全額を損金(経費)として処理することができます。

そして、生命保険を活用することで退職金を効率よく準備する仕組みを整えることが可能となります。

定期保険

定期保険は一定期間内に被保険者が死亡した場合にのみ保険金が支払われる生命保険です。

法人が定期保険の契約者であり、死亡保険金の受取人を法人または被保険者の遺族にした場合、原則全額を損金に算入することが可能です。

定期保険は、満期保険金のない生命保険ですが、保険期間が長期にわたるもの(長期平準定期保険)や保険期間中に保険金額が逓増するもの(逓増定期保険)は、各年の保険料を平準化するため、年齢が高くなって割高になる後半の保険料に備えて、保険期間の前半において支払う保険料には多額の前払い保険料が含まれています。

またこの種の定期保険では、一定期間経過後に途中解約した場合、かなりの返戻率で解約返戻金が返ってきます。

このため、貯蓄性が高くなるある一定以上保険期間が長い定期保険の保険料は、損金算入時期等に関する取扱いの適正化が図られています。

長期平準定期保険

保険期間満了時に70歳を超え、かつ保険に加入した時の年齢に保険期間の2倍の数を加えると105を超える定期保険を長期平準定期保険といいます。

逓増定期保険

逓増定期保険とは契約時の保険金額が、年を経るごとに一定金額まで増加していく保険をいいます。

保険期間の経過により保険金額が5倍までの範囲で増加する定期保険のうち、その保険期間満了の時における被保険者の年齢が45歳を超えるものが対象となります。

法人がこの長期平準定期保険または逓増定期保険に加入して、法人を契約者、役員又は使用人を被保険者として保険料を支払った場合、次のような取扱いとなります。

  • 保険期間の前半6割の期間では、支払い保険料の2分の1を資産として計上し、残り2分の1を損金算入。
  • 後半4割の期間は全額損金計上とされ、前半で資産計上された金額はこの後半の保険期間で損金算入。

これらの特徴を活かし、医療法人が保険契約者となって、役員を被保険者として生命保険に加入することにより、解約返戻金を退職金に、死亡保険金を死亡退職金や弔慰金として準備することができます。

しかし、一概に定期保険を契約すればよいというわけではなく、法人の利益からどのように役員報酬を設定するのか、またどのように退職金の財源を積み立てるのか、生命保険によってどれだけのリスク軽減ができるのかを税理士等の専門家と相談しながら緻密にシミュレーションを行うことが必要となるでしょう。

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